Sekretariati është organ administrativ profesional i themeluar në bazë të Ligjit për Këshillin Prokurorial të Kosovës Nr.03/L-224 dhe i riorganizuar me ndryshimet dhe plotësimet e të Ligjit për Këshillin Prokurorial të Kosovës Nr.05/L-035.
Sekretariati udhëhiqet nga Drejtori i Përgjithshëm, departamentet udhëhiqen nga udhëheqësit e departamenteve, divizionet udhëhiqen nga udhëheqësit e divizioneve, zyrat udhëhiqen nga udhëheqësit e zyrave dhe administrata e prokurorive udhëhiqet nga administratori i prokurorisë.
Sekretariati përfshinë të gjithë personelin administrativ të cilët punojnë në Këshill dhe prokurori, me përjashtim të stafit të Kabinetit të Kryeprokurorit të Shtetit.