Historiku
Ligji për Ndryshimin dhe Plotësimin e Ligjit nr.03/L-224 për Këshillin Prokurorial të Kosovës (Ligji nr. 05/L-035) ishte vendimtar, ngaqë krijoi bazën për transformimin dhe kalimin e Sekretariatit nga Zyra e Kryeprokurorit të Shtetit në Këshillin Prokurorial të Kosovës. Ky transformim ka ndodhur gjatë vitit 2016, me ç’rst Sekretariati i Këshillit Prokurorial të Kosovës iu ka nënshtruar procesit të transformimit, reformimit dhe kalimit nga Zyra e Kryeprokurorit të Shtetit në Këshill.
Në janar të vitit 2017 ka filluar procesi i riorganizimit të Sekretariatit, i cili është realizuar në bazë të Rregullores për veprimtarinë, organizimin e brendshëm dhe sistematizimin e vendeve të punës në Sekretariatin e Këshillit, me ç’rast është vendosur një strukturë e mirëfilltë e organizimit të njësive organizative të tij. Kjo rregullore e Sekretariatit përmban përshkrimet e funksioneve kryesore të Zyrës së Drejtorit, departamenteve, divizioneve, zyrave dhe përshkrimin e detyrave të punës për të gjitha pozitat e personelit, të cilat janë pjesë e tij.
Që nga themelimi, Sekretariati ka mbështetur Këshillin për të pasur efikasitet dhe efektivitet në fuqizimin e sundimit të ligjit, duke vazhduar zbatimin e plotësimit të standardeve dhe kritereve të larta për të fuqizuar sundimin e ligjit në luftën kundër korrupsionit, krimit të organizuar dhe dukurive të tjera kriminale, si dhe për të pasur efikasitet dhe efektivitet në procesin e integrimeve dhe anëtarësimit të Kosovës në Bashkim Evropian.
Pas hyrjes në fuqi të Rregullores nr.09/2016 për veprimtarinë, organizimin e brendshëm dhe sistematizimin e vendeve të punës, më 1 janar 2017, Sekretariati ka adoptuar strukturën e re organizative në pajtim me këtë rregullore, si në vijim: